Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	1,226,435	C→T	E151K (GAA→AAA)	pphA ←	serine/threonine‑specific protein phosphatase 1

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,226,435	0	C	T	100.0%	124.3 / NA	36	E151K (GAA→AAA)	pphA	serine/threonine‑specific protein phosphatase 1
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (35/1);  total (35/1)

TCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTCATAAACATCATCTGGA  >  minE/1226385‑1226451                                                   |                 tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:1209456/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:932748/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:892327/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:871051/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:749658/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:723592/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:429279/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:3247658/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:3197606/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:3158512/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:2863715/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:2690217/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:2660238/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:2618161/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:2450783/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:2328950/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:1443722/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:1166498/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:1265347/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:1305860/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:1327836/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:1328247/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:2112248/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:1531396/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:1591928/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:1678843/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:1704178/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:1872909/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:1935201/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatcat       >  1:1984796/1‑62 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatca        >  1:532133/1‑61 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatca        >  1:2354036/1‑61 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcatca        >  1:1988051/1‑61 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAAcat          >  1:3254841/1‑59 (MQ=255) tCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGC‑AATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAACatcatc      >  1:1302522/1‑62 (MQ=255)      aGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTTATAAACATCATCTGGa  <  1:422647/62‑1 (MQ=255)                                                   |                 TCGCGAGCGGCTCCACAAGACCTGATGCAAATCAACGTCCTTTTGCCATTCATAAACATCATCTGGA  >  minE/1226385‑1226451

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑