| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,763,556 | 0 | T | C | 63.4% | 101.0 / 105.1 | 101 | noncoding (288/1542 nt) | rrsG | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/20); new base C (40/24); total (57/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
AGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATG > minE/1763504‑1763622 | aGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGt < 1:2560782/71‑1 (MQ=34)aGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGt < 1:268849/71‑1 (MQ=34) gTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGt > 1:405069/1‑70 (MQ=25) gTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGt > 1:2576956/1‑70 (MQ=25) gTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGt > 1:2822847/1‑70 (MQ=25) gTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTg < 1:2147179/71‑1 (MQ=21) tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTg > 1:2002372/1‑65 (MQ=18) tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg > 1:3124204/1‑70 (MQ=25) tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGc > 1:1508296/1‑71 (MQ=21) tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGc > 1:447408/1‑71 (MQ=21) ggACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGcc > 1:2421836/1‑71 (MQ=11) gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg < 1:2982684/68‑1 (MQ=25) gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg < 1:1820479/68‑1 (MQ=25) aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCg < 1:2568589/70‑1 (MQ=35) aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt < 1:1788257/71‑1 (MQ=21) ccGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCttt < 1:2315261/71‑1 (MQ=11) ccGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCttt < 1:159922/71‑1 (MQ=11) ccGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGtt < 1:158628/71‑1 (MQ=34) gtgtCTCAGTCCCAGTGTGGCCGATCACCCTCTCAGGTCGGCTATGTATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAc < 1:2301978/71‑1 (MQ=2) tgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg < 1:2917022/63‑1 (MQ=35) tgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAcc > 1:2558487/1‑71 (MQ=21) ctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAc > 1:1462703/1‑67 (MQ=25) tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac > 1:2101019/1‑71 (MQ=34) cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt > 1:1781825/1‑62 (MQ=25) aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTg > 1:518455/1‑52 (MQ=33) gTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt < 1:1497295/60‑1 (MQ=35) gTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt < 1:1919424/60‑1 (MQ=35) gTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt < 1:1092167/60‑1 (MQ=35) gTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac > 1:2120105/1‑68 (MQ=35) gTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaa > 1:1230156/1‑71 (MQ=255) ttCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca > 1:1848443/1‑69 (MQ=255) ttCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaa > 1:2539847/1‑70 (MQ=255) tCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaac > 1:1291891/1‑70 (MQ=255) ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGt > 1:1108457/1‑50 (MQ=255) gtgtGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaa > 1:334019/1‑65 (MQ=39) gtgtGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCt < 1:2849890/71‑1 (MQ=255) gtgtGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCt < 1:19091/71‑1 (MQ=255) gtgtGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCt < 1:1051535/71‑1 (MQ=255) gtgtGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCt < 1:1512772/71‑1 (MQ=255) tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCACGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCt < 1:1245316/70‑1 (MQ=255) gtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAc > 1:256228/1‑55 (MQ=255) tgGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTACCTCACCAACTAGCTAAt > 1:2907262/1‑71 (MQ=11) tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCtt < 1:2254578/41‑1 (MQ=32) tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGtt < 1:2050614/52‑1 (MQ=255) tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGtt < 1:1154329/52‑1 (MQ=255) tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGtt < 1:1819398/52‑1 (MQ=255) tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGtt < 1:177865/52‑1 (MQ=255) tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGtt < 1:166288/52‑1 (MQ=255) tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGtt < 1:1589359/52‑1 (MQ=255) ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCcca > 1:627092/1‑57 (MQ=35) ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaacaa > 1:1552232/1‑64 (MQ=255) ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaacaa > 1:1174746/1‑64 (MQ=255) ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaacaa > 1:1588394/1‑64 (MQ=255) gCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATc < 1:2087041/70‑1 (MQ=255) tGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAc > 1:1961100/1‑50 (MQ=255) tGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAc > 1:1373656/1‑50 (MQ=255) tGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAc > 1:1411301/1‑50 (MQ=255) tGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCa > 1:845875/1‑71 (MQ=255) ggTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGt > 1:2324566/1‑39 (MQ=255) gTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCa < 1:2443719/69‑1 (MQ=255) tCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCg < 1:1416641/43‑1 (MQ=255) tCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCg < 1:517945/43‑1 (MQ=255) cATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGc > 1:2433119/1‑40 (MQ=255) cATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt > 1:292224/1‑68 (MQ=255) cATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt > 1:868373/1‑68 (MQ=255) cATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt > 1:476726/1‑68 (MQ=255) cATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt > 1:2174744/1‑68 (MQ=255) cATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt > 1:176000/1‑68 (MQ=255) cATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt > 1:1859071/1‑68 (MQ=255) cATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt > 1:2092036/1‑68 (MQ=255) aTCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTgg > 1:2447179/1‑71 (MQ=255) tCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTggg < 1:2602412/71‑1 (MQ=255) tCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTggg < 1:3085410/71‑1 (MQ=255) ctctCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAcc > 1:1228774/1‑43 (MQ=38) tctcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGca > 1:1672329/1‑70 (MQ=255) tctcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa > 1:2897736/1‑57 (MQ=255) tctcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa > 1:2235675/1‑57 (MQ=255) tctcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa > 1:1305579/1‑57 (MQ=255) tcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGcac < 1:12153/69‑1 (MQ=255) tcAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGcac < 1:3153297/69‑1 (MQ=255) tcAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACAt > 1:398058/1‑71 (MQ=255) aGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATcc > 1:10603/1‑71 (MQ=255) aGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATcc < 1:2328592/71‑1 (MQ=255) gACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATcc < 1:1685429/70‑1 (MQ=255) ccagccagGGATCGTCGCCTTGGTGATCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGAt < 1:690789/71‑1 (MQ=255) ccagccagGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGAt < 1:2112787/71‑1 (MQ=255) ccagccagGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGAt < 1:695997/71‑1 (MQ=255) ccagccagGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGAt > 1:268552/1‑71 (MQ=255) ccagccagGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGAt < 1:2498123/71‑1 (MQ=255) ccAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGcaca > 1:249396/1‑65 (MQ=255) ccAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGcaca > 1:2545960/1‑65 (MQ=255) ccAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGcaca > 1:3125809/1‑65 (MQ=255) cAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCcca < 1:913512/37‑1 (MQ=40) cAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCcca < 1:1903760/37‑1 (MQ=40) cAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCcca < 1:2077123/37‑1 (MQ=40) cAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATg < 1:2974428/71‑1 (MQ=255) cAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATg > 1:1955694/1‑71 (MQ=255) cAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATg > 1:2524920/1‑71 (MQ=255) aGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCcca < 1:2226824/36‑1 (MQ=40) gCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacc > 1:1042456/1‑37 (MQ=40) | AGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATG > minE/1763504‑1763622 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |