| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | minE | 151,149 | C→T | S560S (AGC→AGT) | mrcB → | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 151,149 | 0 | C | T | 99.1% | 375.3 / ‑4.4 | 109 | S560S (AGC→AGT) | mrcB | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (76/32); total (76/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGATGG > minE/151081‑151216 | aTTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTgg > 1:105187/1‑71 (MQ=255)aTTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTgg < 1:1252913/71‑1 (MQ=255)aTTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTgg > 1:2808272/1‑71 (MQ=255)aTTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTgg < 1:1354162/71‑1 (MQ=255) gcgcTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCa < 1:716145/70‑1 (MQ=255) gcTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCagag < 1:2787329/71‑1 (MQ=255) cGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTg < 1:1329788/69‑1 (MQ=255) gTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATg < 1:1009710/71‑1 (MQ=255) gTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATg < 1:469747/71‑1 (MQ=255) aGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtg > 1:247721/1‑71 (MQ=255) aGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtg > 1:1977524/1‑71 (MQ=255) aGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtg > 1:2636733/1‑71 (MQ=255) aGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtg > 1:63354/1‑71 (MQ=255) aGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtg > 1:5033/1‑71 (MQ=255) aGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtg > 1:1675419/1‑71 (MQ=255) gAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtggtg > 1:235048/1‑70 (MQ=255) gAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtggtg > 1:1127380/1‑70 (MQ=255) gAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtggtg > 1:1095338/1‑70 (MQ=255) tGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATg < 1:890917/71‑1 (MQ=255) gTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtggtg < 1:182706/60‑1 (MQ=255) gTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtggtg < 1:252211/60‑1 (MQ=255) gTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGa > 1:1349644/1‑70 (MQ=255) gTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGAc > 1:3154933/1‑71 (MQ=255) gTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGAc > 1:2526821/1‑71 (MQ=255) gTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGAc > 1:1235858/1‑71 (MQ=255) gTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGAc > 1:1928185/1‑71 (MQ=255) tCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGa > 1:3169799/1‑61 (MQ=255) tCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGa > 1:396826/1‑61 (MQ=255) tCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGa > 1:2299516/1‑61 (MQ=255) cTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCaga > 1:1441769/1‑46 (MQ=255) cTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGa > 1:1982991/1‑60 (MQ=255) gTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGtt > 1:1407486/1‑71 (MQ=255) gTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGtt > 1:139315/1‑71 (MQ=255) gTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGtt > 1:2660863/1‑71 (MQ=255) tCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTc > 1:357887/1‑71 (MQ=255) tCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTc > 1:3054471/1‑71 (MQ=255) tCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTc < 1:1677392/71‑1 (MQ=255) aCCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCa > 1:1156506/1‑38 (MQ=255) aCCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCa > 1:479291/1‑38 (MQ=255) aCCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCa > 1:2029240/1‑38 (MQ=255) aCCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCa > 1:2506353/1‑38 (MQ=255) aCCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCa > 1:1374149/1‑38 (MQ=255) aCCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGtt > 1:2043274/1‑60 (MQ=255) aCCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGtt > 1:3071640/1‑60 (MQ=255) aCCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCg < 1:2357732/70‑1 (MQ=255) gCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATg > 1:2477626/1‑43 (MQ=255) gCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGAt > 1:1807267/1‑69 (MQ=255) gCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATg > 1:3160223/1‑70 (MQ=255) gCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATg > 1:27558/1‑70 (MQ=255) gCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATg > 1:1243634/1‑70 (MQ=255) cAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCagag > 1:2538355/1‑37 (MQ=255) cAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCagag > 1:1281518/1‑37 (MQ=255) cAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGaa > 1:249408/1‑71 (MQ=255) cAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGaa > 1:271269/1‑71 (MQ=255) cAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGaa > 1:591644/1‑71 (MQ=255) cAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGaa > 1:1616059/1‑71 (MQ=255) atgatgCCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTg > 1:2365437/1‑71 (MQ=255) atgatgACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTg > 1:362072/1‑71 (MQ=255) atgatgACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTg < 1:3005656/71‑1 (MQ=255) atgatgACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTg > 1:3077110/1‑71 (MQ=255) tgatgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtggtg > 1:2995409/1‑43 (MQ=255) tgatgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtggtg > 1:44273/1‑43 (MQ=255) tgatgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtggt > 1:1942892/1‑42 (MQ=255) tgatgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGa > 1:1371677/1‑53 (MQ=255) tgatgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGc > 1:1211900/1‑71 (MQ=255) cggtgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACg < 1:1719361/65‑1 (MQ=255) cggtgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACg < 1:1537641/65‑1 (MQ=255) cggtgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACg < 1:1459451/65‑1 (MQ=255) cggtgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACg < 1:39585/65‑1 (MQ=255) cggtgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACg < 1:2662209/65‑1 (MQ=255) cggtgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACg < 1:2162871/65‑1 (MQ=255) atgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCTTTGACCCGTTCGATGAACGTGcc < 1:1338385/70‑1 (MQ=255) tgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGa > 1:918175/1‑71 (MQ=255) ccGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGt > 1:2648003/1‑63 (MQ=255) cgtcgtTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGt < 1:46346/62‑1 (MQ=255) cgtcgtTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGAt < 1:2293696/56‑1 (MQ=255) tcgtTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTaa < 1:344766/71‑1 (MQ=255) tcgtTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTaa < 1:236522/71‑1 (MQ=255) tcgtTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTaa < 1:1734625/71‑1 (MQ=255) tcgtTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTaa < 1:1795308/71‑1 (MQ=255) gtTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAAt > 1:488150/1‑71 (MQ=255) ttATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGGTGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATc < 1:700686/71‑1 (MQ=255) ataGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGCACGTGCCGACGGTAAATCTg > 1:2987078/1‑71 (MQ=255) ataGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCt < 1:796422/70‑1 (MQ=255) ataGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTg > 1:2006425/1‑71 (MQ=255) ataGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTg > 1:2221548/1‑71 (MQ=255) taGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTgg < 1:3050132/71‑1 (MQ=255) aGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGcc > 1:1289559/1‑56 (MQ=255) aGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGcc > 1:255861/1‑56 (MQ=255) aGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGcc > 1:1346963/1‑56 (MQ=255) aGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGcc > 1:2868501/1‑56 (MQ=255) aGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGcc > 1:1092316/1‑56 (MQ=255) gCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTggg > 1:608935/1‑70 (MQ=255) gCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTggg > 1:2072882/1‑70 (MQ=255) gCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTggg > 1:885433/1‑70 (MQ=255) cGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGaa > 1:2197270/1‑48 (MQ=255) cGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGaa > 1:859106/1‑48 (MQ=255) cGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGaa > 1:293100/1‑48 (MQ=255) gAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGAt < 1:932352/71‑1 (MQ=255) aaGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGATgg > 1:2828106/1‑71 (MQ=255) | ATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGATGG > minE/151081‑151216 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |