Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	2,684,670	Δ1 bp	coding (159/720 nt)	ompR →	DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with EnvZ

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	2,684,670	0	A	.	100.0%	84.3 / NA	20	coding (159/720 nt)	ompR	DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with EnvZ
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base . (0/20);  total (0/20)

TCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGA  >  minE/2684653‑2684715                  |                                              tCTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:118133/62‑1 (MQ=255) tCTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:889562/62‑1 (MQ=255) tCTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:88622/62‑1 (MQ=255) tCTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:880028/62‑1 (MQ=255) tCTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:818314/62‑1 (MQ=255) tCTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:793438/62‑1 (MQ=255) tCTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:751022/62‑1 (MQ=255) tCTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:652012/62‑1 (MQ=255) tCTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:649913/62‑1 (MQ=255) tCTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:628841/62‑1 (MQ=255) tCTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:45483/62‑1 (MQ=255) tCTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:411921/62‑1 (MQ=255) tCTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:379000/62‑1 (MQ=255) tCTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:337877/62‑1 (MQ=255) tCTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:222439/62‑1 (MQ=255) tCTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:162786/62‑1 (MQ=255) tCTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:1033186/62‑1 (MQ=255)  cTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:452995/61‑1 (MQ=255)  cTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:760813/61‑1 (MQ=255)  cTTTCCATCTTATGGT‑CTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGa  <  1:947107/61‑1 (MQ=255)                  |                                              TCTTTCCATCTTATGGTACTGGATTTAATGTTACCTGGTGAAGATGGCTTGTCGATTTGCCGA  >  minE/2684653‑2684715

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑