Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	2,380,392	+T	coding (889/1428 nt)	rmuC ←	predicted recombination limiting protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	2,380,389	1	.	T	98.5%	219.7 / ‑3.1	65	coding (892/1428 nt)	rmuC	predicted recombination limiting protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (1/0);  new base T (64/0);  total (65/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01

GAGTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TC‑TTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACG  >  minE/2380359‑2380419                                 |                               gagTTGGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:792015/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCGGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:945136/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAATTT‑TTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:224323/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTccc                      >  1:926684/1‑42 (MQ=38) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTAc   >  1:912240/1‑61 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:815940/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:858150/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:807337/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:795900/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:779034/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:778459/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:775545/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:7654/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:765137/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:761341/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:747194/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:710151/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:675856/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:665556/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:833109/1‑62 (MQ=255) 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gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:429484/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:444605/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:461204/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:492509/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:529716/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:534845/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:543947/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:549557/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:566517/1‑62 (MQ=255) gagTTCGCAGCCCCGGCAGCTGTTGATAA‑TCTTTTGCGTCCCAGCAAACGGATATGGTTACg  >  1:571949/1‑62 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑