Missing coverage evidence...
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TCTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGCC  >  minE/2968098‑2968160                                                               | tCTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGC‑ATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:719902/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:529156/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:971045/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:942143/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:931805/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:923702/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:846526/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:794606/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:775905/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:748138/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:70635/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:673212/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:621065/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:59359/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:57123/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:497619/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:47752/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:40952/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:400331/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:370940/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:326426/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:32568/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:272113/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:226056/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:219609/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:164326/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:135452/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:132390/62‑1 (MQ=255)  cTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGCCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:1034147/62‑1 (MQ=255)   tGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGcc  <  1:358823/61‑1 (MQ=255)                                                               | TCTGCCCCGGAATTGCGCCAGCGTCTGGCAATCAGTCAGGCGACGTTCTCACGCCTTGTTGCC  >  minE/2968098‑2968160

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑