Missing coverage evidence...
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CAAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCTCTGTCTG  >  minE/314574‑314634                                                             | caAATGCTAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:707677/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCTGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:469470/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:692752/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:427443/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:464173/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:495657/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:525183/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:530203/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:537311/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:571820/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:583596/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:615531/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:670282/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:42627/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:764444/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:784280/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:807203/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:818889/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:843327/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:854487/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:882246/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:923779/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:947098/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:962536/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:247278/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:1032214/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:110968/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:135647/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:139681/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:157322/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:167276/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:215329/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:22417/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:227401/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:239716/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:1028793/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:251145/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:260252/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:292688/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:325722/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:344221/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:346017/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:35190/61‑1 (MQ=255) caAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:393596/61‑1 (MQ=255)  aaaTGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:284038/60‑1 (MQ=255)  aaaTGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:216502/60‑1 (MQ=255)                          gCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCtctgtctg  <  1:421374/36‑1 (MQ=255)                                                             | CAAATGCGAATTTGTCGGAGAAATGGCTGTTGTGCAACAGGCACAACGTAATCTCTGTCTG  >  minE/314574‑314634

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑