Missing coverage evidence...
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CAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGA  >  minE/338082‑338143                                                              | cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:564929/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:1001994/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:481212/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:485110/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:498409/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:505379/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:521168/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:536116/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:545744/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:555992/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:46894/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:595034/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:68884/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:690751/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:693179/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:745042/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:831126/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:869494/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:911402/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:166354/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:1003659/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:11884/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:120487/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:13655/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:157820/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:160914/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:16634/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:183211/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:282672/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:288192/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:313739/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:336549/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:337039/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:341242/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:44753/62‑1 (MQ=255)  aGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTATCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:78316/61‑1 (MQ=255)  aGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:321563/61‑1 (MQ=255)  aGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:759801/61‑1 (MQ=255)                      aCCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:150639/41‑1 (MQ=255)                          ttGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:471306/37‑1 (MQ=255)                           tGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGa  <  1:447909/36‑1 (MQ=255)                                                              | CAGCCCGCGCAATGTGCGGAAACCGTTGACCTGCGGTAGCTGCATATCACCTGCTTTATCGA  >  minE/338082‑338143

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑