Missing coverage evidence...
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CCCCGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGCT  >  minE/394453‑394507                                                       | ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:806801/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:617434/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:630808/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:643220/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:65706/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:684523/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:713163/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:767335/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:801586/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:600855/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:846633/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:856055/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:898777/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:906628/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:96813/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:981688/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:983361/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:271715/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:124565/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:125364/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:199855/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:21208/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:225715/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:237507/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:256116/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:258830/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:1017417/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:291373/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:326975/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:327825/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:384298/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:397264/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:468702/1‑55 (MQ=255) ccccGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGct  >  1:59841/1‑55 (MQ=255)                                                       | CCCCGGTCACTTACTTGTGTAAGCTCCCGGGGATTCACAGGCTAGCCGCCTTGCT  >  minE/394453‑394507

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑