Missing coverage evidence...
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CTTCCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAT  >  minE/471910‑471969                                                            | cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGCTAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:940038/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGGGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:244589/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:850075/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:714359/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:738261/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:753978/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:765925/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:770893/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:781942/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:793077/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:795877/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:813268/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:684659/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:852907/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:865656/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:86711/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:928474/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:942964/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:967925/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:492750/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:166497/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:191889/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:216811/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:301266/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:306715/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:421407/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:430008/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:439283/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:118069/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:533118/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:538803/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:553113/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:562598/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:629761/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAt  >  1:665770/1‑60 (MQ=255) cttcCAGCGCCATAGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTAACATGCCACACACGAt  >  1:528162/1‑60 (MQ=255)                                                            | CTTCCAGCGCCATTGGCTTTTGCTTGCGATAGCGCACGCGCTTCACATGCCACACACGAT  >  minE/471910‑471969

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑