Missing coverage evidence...
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CAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTCC  >  minE/495242‑495303                                                              | cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:780539/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:608287/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:618698/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:620071/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:630025/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:644234/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:663457/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:719576/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:765840/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:591515/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:793635/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:811095/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:827969/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:872728/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:878195/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:94974/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:97497/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:105403/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:53557/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:452038/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:434696/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:413811/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:41201/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:361757/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:317308/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:313519/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:281601/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:237508/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:234452/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:219349/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:177728/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTcc  >  1:114108/1‑62 (MQ=255) cAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCATGCTcc  >  1:165813/1‑62 (MQ=255)                                                              | CAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCAGTGCGGGAGTTTCGTTCAGCACTGTCCTGCTCC  >  minE/495242‑495303

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑