Missing coverage evidence...
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CAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACT  >  minE/52861‑52908                                                | cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:859844/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:679448/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:688629/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:692023/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:719827/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:734816/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:762161/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:810351/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:825632/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:653199/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:868804/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:885235/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:886788/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:899248/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:92462/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:925330/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:960967/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:984357/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:634495/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:248387/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:314575/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:319375/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:320028/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:390858/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:444133/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:464873/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:479010/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:494897/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:502459/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:51159/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:566312/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:583649/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:588542/48‑1 (MQ=255) cAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:594172/48‑1 (MQ=255)    tGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:180193/45‑1 (MQ=255)            ttACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACt  <  1:24486/37‑1 (MQ=255)            ttACTGGCCGCTACGTTATCCAGACGGGTATCGTACt  <  1:830686/37‑1 (MQ=38)                                                | CAATGCTGGAGTTACTGGTCGCTACGTTATCCAGACGTGTATCGTACT  >  minE/52861‑52908

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑