Missing coverage evidence...
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AACTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAT  >  minE/1030561‑1030622                                                              | taCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:281198/61‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAACGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:197706/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATTGGGCGCTGATGGAt  <  1:848895/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:656744/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:497210/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:504469/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:531937/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:538692/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:564755/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:567155/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:580713/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:42926/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:659171/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:678230/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:746396/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:776301/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:824849/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:848747/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:933499/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:182801/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:1028753/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:103271/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:158504/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:159354/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:164202/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:164775/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:181248/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:181918/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:459784/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:247027/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:261670/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:349092/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:380553/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:419922/62‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:1027634/62‑1 (MQ=255)    tGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:477007/59‑1 (MQ=255)       gTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAt  <  1:227668/56‑1 (MQ=255)                                                              | AACTGGGTGCGGAGCGTATTGGACATGGCGTAAAAGCCATTGAAGATCGGGCGCTGATGGAT  >  minE/1030561‑1030622

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑