Missing coverage evidence...
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GTGGGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCT  >  minE/1068016‑1068076                                                             | gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGGTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:51573/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:76587/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:543591/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:554052/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:555203/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:556995/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:567917/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:58326/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:751735/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:424159/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:772296/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:812228/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:81751/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:850632/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:898375/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:917284/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:964296/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:1003035/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:409685/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:389258/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:386214/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:384840/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:384217/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:382950/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:376603/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:278618/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:255668/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:253423/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:233312/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:205108/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:184514/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:143109/1‑61 (MQ=255) gtggGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCt  >  1:1018451/1‑61 (MQ=255)                                                             | GTGGGTCTATCTCCGGCACTGGCTCCTCTGTTAGGAAGCTGGCTGCTGGTCCATTTTTCCT  >  minE/1068016‑1068076

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑