Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1123079	1123133	55	58 [0]	[0] 39	ihfA	integration host factor (IHF), DNA‑binding protein, alpha subunit

CGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATC  >  minE/1123017‑1123078                                                              | cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:783699/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:1007505/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:514949/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:529669/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:529722/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:535830/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:591802/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:658705/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:667106/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:678162/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:716488/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:722003/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:759527/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:761334/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:777745/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:500551/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:800587/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:801164/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:805359/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:812841/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:830676/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:847742/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:882563/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:894042/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:946523/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:950981/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:973945/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:98345/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:991674/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:398068/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:116673/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:21192/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:24407/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:115775/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:247999/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:257260/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:336812/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:349504/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:37522/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:10765/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:397633/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:401473/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:405899/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:1030928/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:416356/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:419109/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:423379/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:425364/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:428794/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:469015/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:496120/62‑1 (MQ=255) cGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:495785/62‑1 (MQ=255) cGTGCGGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:343920/62‑1 (MQ=255)  gTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:101733/61‑1 (MQ=255)  gTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:244208/61‑1 (MQ=255)  gTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:476926/61‑1 (MQ=255)                 tatCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:693161/46‑1 (MQ=255)                           cGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATc  <  1:38464/36‑1 (MQ=255)                                                              | CGTGCTGTAATGGGAATATCCTCGCCCGTTTTCGGGTTACGTCCCGGGCGTTGATTCTTATC  >  minE/1123017‑1123078

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑