Missing coverage evidence...
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ACTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGC  >  minE/1141122‑1141183                                                              | aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:732739/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:1003377/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:633522/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:64035/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:650381/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:651550/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:663822/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:672163/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:682147/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:708770/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:709280/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:722818/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:632476/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:800276/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:826598/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:831271/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:854594/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:877898/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:88934/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:926556/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:933600/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:962006/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:985899/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:333631/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:1023128/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:110540/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:185278/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:189591/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:202404/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:202908/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:22473/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:232396/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:271620/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:308484/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:31189/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:629582/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:380277/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:385641/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:386675/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:404782/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:406053/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:422580/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:428043/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:526791/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGc  >  1:566990/1‑62 (MQ=255) aCTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCAAAGTAAACGc  >  1:669765/1‑62 (MQ=255)                                                              | ACTTCCCCTTCCTGGCGGATCTGATTTGCCCAACGTTGGGCAGATTCAGGCACAGTAAACGC  >  minE/1141122‑1141183

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑