Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1229235	1229238	4	8 [0]	[0] 71	holE	DNA polymerase III, theta subunit

CTGGTTTCGCGAGCGGCTTATTGCCCACCGTTTGGCTTCGGTCAATCTGTCACGTTTACCTT  >  minE/1229173‑1229234                                                              | cTGGTTTCGCGAGCGGCTTATTGCCCACCGTTTGGCTTCGGTCAATCTGTCACGTTTACCtt  <  1:1011616/62‑1 (MQ=255) cTGGTTTCGCGAGCGGCTTATTGCCCACCGTTTGGCTTCGGTCAATCTGTCACGTTTACCtt  <  1:27622/62‑1 (MQ=255) cTGGTTTCGCGAGCGGCTTATTGCCCACCGTTTGGCTTCGGTCAATCTGTCACGTTTACCtt  <  1:307068/62‑1 (MQ=255) cTGGTTTCGCGAGCGGCTTATTGCCCACCGTTTGGCTTCGGTCAATCTGTCACGTTTACCtt  <  1:510458/62‑1 (MQ=255) cTGGTTTCGCGAGCGGCTTATTGCCCACCGTTTGGCTTCGGTCAATCTGTCACGTTTACCtt  <  1:637508/62‑1 (MQ=255) cTGGTTTCGCGAGCGGCTTATTGCCCACCGTTTGGCTTCGGTCAATCTGTCACGTTTACCtt  <  1:660909/62‑1 (MQ=255) cTGGTTTCGCGAGCGGCTTATTGCCCACCGTTTGGCTTCGGTCAATCTGTCACGTTTACCtt  <  1:72652/62‑1 (MQ=255) cTGGTTTCGCGAGCGGCTTATTGCCCACCGTTTGGCTTCGGTCAATCTGTCACGTTTACCtt  <  1:925921/62‑1 (MQ=255)                                                              | CTGGTTTCGCGAGCGGCTTATTGCCCACCGTTTGGCTTCGGTCAATCTGTCACGTTTACCTT  >  minE/1229173‑1229234

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑