Missing coverage evidence...
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TAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACT  >  minE/1248015‑1248075                                                             | tatccTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:559817/4‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:790052/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:622272/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:683262/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:705269/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:750885/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:751136/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:75157/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:765553/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:76971/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:770207/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:621478/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:790534/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:826587/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:833150/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:851304/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:861083/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:901079/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:952236/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:978229/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:98330/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:987557/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:324413/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:118737/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:180759/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:190688/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:192188/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:192786/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:211570/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:216156/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:216613/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:321017/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:100353/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:333424/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:36802/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:376608/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:460039/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:488763/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:572630/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:57408/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:578754/1‑61 (MQ=255) tAACCTTTTCCGCGGGTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACt  >  1:465193/1‑61 (MQ=255)                                                             | TAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACT  >  minE/1248015‑1248075

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑