Missing coverage evidence...
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AATCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAG  >  minE/1344468‑1344529                                                              | aaccAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:3069/59‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:491368/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:975724/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:906903/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:88686/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:884121/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:863136/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:847599/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:731347/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:661488/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:572559/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:521566/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:506342/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:499791/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:161903/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:372521/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:185539/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:222593/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:258130/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:277193/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:471875/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:374293/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:389677/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:425605/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:441998/62‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:449251/62‑1 (MQ=255)  aTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGAGCTTCCagag  <  1:196450/61‑1 (MQ=255)  aTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:725202/61‑1 (MQ=255)  aTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:377031/61‑1 (MQ=255)  aTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:752539/61‑1 (MQ=255)  aTCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:943102/61‑1 (MQ=255)   tCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCagag  <  1:226471/60‑1 (MQ=255)                                                              | AATCAGGTCGTAGTTGCGACACAGACGGCGGCTGATTTGACGGGCACAGTGACCTTCCAGAG  >  minE/1344468‑1344529

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑