Missing coverage evidence...
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TTGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTG  >  minE/1396554‑1396593                                        | ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:617624/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:1003843/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:502362/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:51381/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:530768/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:542635/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:546477/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:567097/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:589119/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:604828/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:49033/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:660975/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:706627/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:717009/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:717095/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:735225/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:817912/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:853671/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:889458/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:938019/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:46097/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:1010575/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:125535/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:183263/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:20396/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:21143/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:215412/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:218779/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:243936/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:266855/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:284024/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:321356/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:339221/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:381443/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:38537/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:448119/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:474131/40‑1 (MQ=255) ttGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAAGTg  <  1:258774/40‑1 (MQ=255)  tGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:319226/39‑1 (MQ=255)  tGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:730461/39‑1 (MQ=255)  tGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGGCGCAGTGGCGAGGTg  <  1:691654/39‑1 (MQ=255)                                        | TTGTAAGCCTGCACAGACTTTCGGTCGCAGTGGCGAGGTG  >  minE/1396554‑1396593

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑