Missing coverage evidence...
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GTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGG  >  minE/1636057‑1636118                                                              | gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:784634/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:1028318/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:670063/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:71856/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:747358/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:753901/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:778001/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:778570/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:783464/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:641458/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:789087/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:799583/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:85099/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:851589/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:92755/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:952293/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:952644/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:256502/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:102968/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:1035520/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:138836/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:199073/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:221181/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:232665/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:522824/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:266782/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:283494/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:329312/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:361590/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:361863/62‑1 (MQ=255) gTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:490248/62‑1 (MQ=255)  tAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:813634/61‑1 (MQ=255)       cTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:144137/56‑1 (MQ=255)                   gCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTgg  <  1:392451/44‑1 (MQ=255)                                                              | GTAAAGCTCAGGCGCTGGGCGTTGCTATCGACGATATTAACGACACACTGCAAACCGCCTGG  >  minE/1636057‑1636118

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑