Missing coverage evidence...
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AGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATA  >  minE/1671088‑1671122                                   | aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:793949/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:457816/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:477932/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:478039/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:490727/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:576522/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:614821/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:62915/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:680889/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:692406/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:719702/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:722968/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:726948/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:736140/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:776357/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:457287/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:817435/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:855069/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:861826/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:881907/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:8822/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:907732/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:916062/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:936893/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:93813/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:944121/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:947677/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:974433/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:981474/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:996183/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:279955/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:1013497/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:108820/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:109252/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:11012/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:140341/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:148941/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:154623/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:155601/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:170892/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:226889/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:244615/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:251033/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:263868/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:279288/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:1001183/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:285018/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:286549/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:291776/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:310320/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:328608/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:336395/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:341719/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:372585/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:376955/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:377789/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:393188/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:394530/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATa  >  1:432381/1‑35 (MQ=255) aGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCAGCTGCATa  >  1:293489/1‑35 (MQ=255)                                   | AGCGCTTTTACTAAACCAGCGCGGTCCGCTGCATA  >  minE/1671088‑1671122

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑