Missing coverage evidence...
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CCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGG  >  minE/1694488‑1694549                                                              | ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:347536/62‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:731016/62‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:723998/62‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:647409/62‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:591646/62‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:585611/62‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:1017196/62‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:738160/62‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:784316/62‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:813154/62‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:826591/62‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:334948/62‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:308985/62‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:298294/62‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:212860/62‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:205745/62‑1 (MQ=255) ccACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:93473/62‑1 (MQ=255)  cacaGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:553152/61‑1 (MQ=255)  cacaGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:841298/61‑1 (MQ=255)  cacaGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:85120/61‑1 (MQ=255)  cacaGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:930753/61‑1 (MQ=255)  cacaGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:981680/61‑1 (MQ=255)  cacaGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:490710/61‑1 (MQ=255)  cacaGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:466310/61‑1 (MQ=255)  cacaGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:346807/61‑1 (MQ=255)  cacaGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:317216/61‑1 (MQ=255)  cacaGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:294924/61‑1 (MQ=255)  cacaGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:20043/61‑1 (MQ=255)  cacaGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:1034889/61‑1 (MQ=255)  cacaGCGCGTGGGGCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:929504/61‑1 (MQ=255)     aGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:387015/58‑1 (MQ=255)           tGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:538938/52‑1 (MQ=255)                   gCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACggg  <  1:902446/44‑1 (MQ=255)                                                              | CCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGG  >  minE/1694488‑1694549

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑