Missing coverage evidence...
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AACCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACATA  >  minE/1727549‑1727609                                                             | aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:516985/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:967956/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:907254/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:900286/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:88617/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:872645/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:860986/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:819059/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:809423/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:771915/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:715055/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:678240/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:648567/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:636372/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:551949/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:524160/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:115954/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:515148/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:479738/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:470318/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:391637/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:385612/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:376452/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:361232/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:348523/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:345517/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:334835/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:330107/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:322724/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:248127/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:216697/1‑61 (MQ=255) aaCCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACata  >  1:149756/1‑61 (MQ=255)                                                             | AACCCAGTCGGCGTTAAAAATTTTGTGGCGGCAGTGCTCGGAGTTCGCCTGGGCAAACATA  >  minE/1727549‑1727609

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑