Missing coverage evidence...
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CGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGTTT  >  minE/1842125‑1842186                                                              | cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCGATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:896381/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:509164/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:927998/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:895558/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:876881/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:858288/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:844941/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:753907/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:727029/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:72234/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:702028/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:663013/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:63260/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:622360/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:610339/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:57292/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:1005014/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:49352/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:48711/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:480783/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:472119/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:388669/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:370002/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:353252/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:298013/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:291380/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:232533/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:202619/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:188679/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:17895/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:142102/62‑1 (MQ=255) cGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGttt  <  1:100679/62‑1 (MQ=255)                                                              | CGGCGCAAACATCCAAATGAGTGGTTGCCATGTTAATTCCCGGGCTGATTTATCGATTGTTT  >  minE/1842125‑1842186

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑