Missing coverage evidence...
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GCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCTTT  >  minE/1888336‑1888396                                                             | gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:791127/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:624205/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:641098/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:668527/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:681928/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:737159/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:781262/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:789832/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:791118/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:595077/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:800157/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:818133/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:820786/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:869860/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:899702/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:926862/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:928067/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:9794/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:409140/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:127421/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:144803/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:14997/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:163475/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:164178/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:17810/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:199170/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:242614/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:1024562/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:439717/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:440888/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:466626/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:526567/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:541346/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:557970/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:566390/61‑1 (MQ=255) gCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCttt  <  1:588238/61‑1 (MQ=255)                                                             | GCAGGCGATACCAGTCGCATGAGTCATCCGGCTGGCTTTGATACGGCAGCGGCGTGGCTTT  >  minE/1888336‑1888396

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑