Missing coverage evidence...
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AGCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATG  >  minE/2222740‑2222800                                                             | agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:869224/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:706016/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:715258/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:777150/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:80070/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:808476/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:82014/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:841513/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:846820/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:862967/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:673213/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:876301/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:880802/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:911098/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:92816/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:952112/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:982285/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:984481/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:995459/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:442640/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:1021937/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:178004/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:178104/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:298052/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:344704/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:346784/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:349825/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:381292/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:1005675/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:458808/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:465101/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:483256/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:580133/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:653905/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:661054/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:666170/61‑1 (MQ=255) agCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATg  <  1:672262/61‑1 (MQ=255)                                                             | AGCCGCTTACTTATCTGGCGTTGCCCCCGGTTTTACCGGCTTTCCGCGCTGGTTTGAGATG  >  minE/2222740‑2222800

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑