Missing coverage evidence...
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CACACGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGT  >  minE/211991‑212052                                                              | cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:83661/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:147989/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:611107/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:62722/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:63534/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:639096/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:672486/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:71043/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:717258/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:74886/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:750001/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:598470/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:849024/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:871074/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:871099/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:907640/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:917711/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:939479/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:941598/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:948462/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:968782/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:996417/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:491031/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:156037/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:169567/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:195845/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:208123/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:208219/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:221509/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:238632/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:244257/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:272925/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:291841/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:321824/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:355873/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:418137/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:433305/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:443479/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:444508/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:489120/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:57990/62‑1 (MQ=255) cacaCGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGGCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:680960/62‑1 (MQ=255)     cgcgCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:273534/58‑1 (MQ=255)                aCGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGt  <  1:243917/47‑1 (MQ=255)                                                              | CACACGCGCCAGAGCACGGCTTTCATCGGTCGTTGGCAGACGTACGCCATAACGCTTGCTGT  >  minE/211991‑212052

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑