Missing coverage evidence...
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CGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAC  >  minE/2429959‑2430019                                                             | cGGTAACCGGGCTTATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:543006/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:744477/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:508475/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:526492/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:561059/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:602361/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:631125/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:634549/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:651174/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:692434/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:501574/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:761737/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:76470/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:777026/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:838410/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:848765/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:858803/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:918841/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:938690/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:28176/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:1027745/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:105909/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:122368/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:128267/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:135139/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:237807/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:244001/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:265776/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:276066/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:1022174/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:329731/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:344141/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:368467/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:37163/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:402240/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:439668/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:44814/1‑61 (MQ=255) cGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAc  >  1:480228/1‑61 (MQ=255)                                                             | CGGTAACCGGGCTGATGGGATGGGTTTTGCCCTGGGTCGTTTCGAGCAGGATCCAGATAAC  >  minE/2429959‑2430019

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑