Missing coverage evidence...
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ATGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAATT  >  minE/2647001‑2647061                                                             | aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCTCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:799368/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:721925/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:531950/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:575339/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:576533/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:585324/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:62319/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:652587/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:652938/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:660794/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:675598/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:705044/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:529862/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:773819/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:811829/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:819818/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:834129/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:849862/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:898125/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:945360/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:949815/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:375845/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:106213/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:120415/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:160381/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:188262/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:198530/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:240262/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:264661/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:328646/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:369999/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:1006446/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:395016/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:395145/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:397393/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:398183/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:425996/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:429264/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:4398/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:45333/1‑61 (MQ=255) aTGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAAtt  >  1:463633/1‑61 (MQ=255)                                                             | ATGGTTTATGTGTGCGTGTCGGGGCATTGCGCTGCCACAGCCAGGCATTCACTATTAAATT  >  minE/2647001‑2647061

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑