Missing coverage evidence...
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GTGTTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGT  >  minE/2747862‑2747922                                                             | gtgtTACTAAAGTCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:344484/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:745657/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:51458/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:526786/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:643767/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:666893/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:67265/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:676267/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:706385/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:720475/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:723663/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:440723/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:771708/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:847034/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:890532/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:943446/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:94794/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:952109/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:968063/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:968130/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:974828/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:24429/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:1009740/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:1019508/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:1032503/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:1032551/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:1036042/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:1037867/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:161683/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:178734/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:20182/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:1008155/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:250696/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:265374/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:278782/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:325206/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:349570/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:360546/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGt  >  1:387495/1‑61 (MQ=255) gtgtTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTAGCGAAGCTGCTGGCGGT‑AAATCGAGGAATAAGt  >  1:357561/1‑60 (MQ=255)                                                             | GTGTTACTAAAGGCGCTCGTGCTGCTATCGAAGCTGCTGGCGGTAAAATCGAGGAATAAGT  >  minE/2747862‑2747922

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑