Missing coverage evidence...
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TTCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGA  >  minE/2829474‑2829535                                                              | ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGGTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:640319/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:765450/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:563625/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:639160/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:665582/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:677403/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:7001/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:704375/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:722767/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:562434/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:818927/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:840601/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:871040/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:919875/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:945842/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:969211/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:984246/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:994800/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:375793/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:1033173/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:130396/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:154405/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:167829/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:255803/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:259208/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:262944/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:360671/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:1008134/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:382057/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:390859/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:402535/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:468047/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:487067/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:52852/1‑62 (MQ=255) ttCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGa  >  1:535666/1‑62 (MQ=255)                                                              | TTCACGCAGTTGGTTAATCGCATCTACCAGCTTAATCAGGGAAGAGTAAACTGCGATACGGA  >  minE/2829474‑2829535

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑