Missing coverage evidence...
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CATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCT  >  minE/509906‑509947 |                                          cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:778055/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:587806/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:633975/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:639443/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:657438/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:65833/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:690921/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:697115/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:730962/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:745646/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:752012/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:775423/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:561560/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:807604/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:810026/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:84125/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:847183/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:869281/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:876662/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:890208/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:896756/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:902109/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:930919/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:986008/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:308694/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:1016516/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:1018849/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:147603/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:150376/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:165419/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:173114/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:22915/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:248910/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:254758/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:258755/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:298187/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:100802/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:311686/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:313922/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:350484/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:356392/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:376686/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:394798/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:417352/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:481360/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:547770/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:558702/42‑1 (MQ=255) cATTTATTATCTCTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCt  <  1:446692/42‑1 (MQ=255) |                                          CATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCT  >  minE/509906‑509947

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑