Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	559380	559744	365	72 [0]	[0] 44	cmr	multidrug efflux system protein

ATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCC  >  minE/559745‑559806 |                                                              aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:74132/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:1013575/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:54677/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:604779/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:609790/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:64260/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:659063/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:719479/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:721292/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:732971/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:735250/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:536019/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:751292/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:826869/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:835502/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:835510/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:89127/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:944682/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:95517/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:97013/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:984023/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:514021/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:108588/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:120116/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:135086/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:189362/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:207297/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:216056/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:232463/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:257017/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:279043/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:301154/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:337288/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:342026/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:45300/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:454123/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:466558/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:496413/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGcc  >  1:519181/1‑62 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGc   >  1:335109/1‑61 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGc   >  1:563975/1‑61 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGc   >  1:544406/1‑61 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGc   >  1:108174/1‑61 (MQ=255) aTGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGATTCTGcc  >  1:133359/1‑62 (MQ=255) |                                                              ATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCC  >  minE/559745‑559806

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑