Missing coverage evidence...
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ACACTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGAAA  >  minE/611164‑611225 |                                                              acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCTACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:228906/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAg                  >  1:177757/1‑46 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATtata           >  1:845368/1‑53 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATgagata  >  1:945402/1‑60 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATgaga    >  1:783731/1‑60 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:597586/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:1013638/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:629858/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:676619/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:679389/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:734232/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:772524/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:784815/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:785943/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:817629/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:866589/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:873018/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:877704/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:914372/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:927482/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:540622/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:291495/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:179589/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:338129/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:376532/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:37834/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:158264/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:439202/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:50906/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:1009543/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaaa  >  1:586520/1‑62 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaa   <  1:908376/61‑1 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaa   >  1:903287/1‑61 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaa   <  1:108765/61‑1 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaa   >  1:895948/1‑61 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaa   <  1:878673/61‑1 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaa   <  1:182715/61‑1 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaa   <  1:972241/61‑1 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaa   <  1:333502/61‑1 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaa   <  1:836526/61‑1 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaa   <  1:825152/61‑1 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaa   <  1:36459/61‑1 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaa   >  1:41532/1‑61 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaa   <  1:772148/61‑1 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaa   <  1:750283/61‑1 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaa   >  1:733615/1‑61 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaa   <  1:514539/61‑1 (MQ=255) acacTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGaa   >  1:666738/1‑61 (MQ=255) |                                                              ACACTAACTCTCTCTTTATTAAGTCGGCGACGAGATACTAACAAAGCATTATAGATGAGAAA  >  minE/611164‑611225

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑