Missing coverage evidence...
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AATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTG  >  minE/54370‑54431 |                                                              aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCGAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:95603/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:565393/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:981861/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:959302/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:921884/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:919842/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:903699/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:881137/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:880062/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:855322/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:854711/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:823707/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:76359/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:703616/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:613531/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:590543/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:108596/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:542575/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:401617/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:384655/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:37094/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:360315/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:358794/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:346837/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:344628/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:261877/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:238457/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:187906/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:177767/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:132999/62‑1 (MQ=255) aaTCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTg  <  1:130570/62‑1 (MQ=255) |                                                              AATCACCTTCCCAGACGTTGGTATCTTTGGTGTTCAGATTCGCCCAGCCTTTCGGCCCTTTG  >  minE/54370‑54431

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑