Missing coverage evidence...
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ACGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAT  >  minE/1230772‑1230830 |                                                           aCGATTTAACGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCAGGTCg              >  1:175820/1‑47 (MQ=38) aCGATTTAAAGCGCCCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTcc                    >  1:249128/1‑41 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACa         >  1:720148/1‑52 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGc     >  1:189740/1‑56 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCaa   >  1:519268/1‑58 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCaa   >  1:96214/1‑58 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:671010/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:106154/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:92565/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:902097/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:893793/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:877306/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:871674/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:860032/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:757484/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:733038/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:221422/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:70088/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:678482/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:23620/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:635542/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:554317/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:1023432/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:516217/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:499343/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:475109/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:466178/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:456370/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:443204/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:412300/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:308399/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCAATGTCGGTACAGAGCAAt  >  1:838071/1‑59 (MQ=255) aCGATTTAAAGCGACCAGATATACAGCCATGGCCTGAGTCCATGTCCGTAc          >  1:448889/1‑51 (MQ=255) |                                                           ACGATTTAAAGCGACCAGATTTACCGCCATGGCCTGAGTCCATGTCGGTACAGAGCAAT  >  minE/1230772‑1230830

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑