Missing coverage evidence...
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TTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAAT  >  minE/1278511‑1278572 |                                                              tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTGGAGGTTTTGATAAt  >  1:422473/1‑62 (MQ=255) tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATaa   >  1:76120/1‑61 (MQ=255) tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAAt  >  1:471098/1‑62 (MQ=255) tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAAt  >  1:988264/1‑62 (MQ=255) tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAAt  >  1:850534/1‑62 (MQ=255) tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAAt  >  1:817423/1‑62 (MQ=255) tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAAt  >  1:791580/1‑62 (MQ=255) tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAAt  >  1:783625/1‑62 (MQ=255) tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAAt  >  1:516893/1‑62 (MQ=255) tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAAt  >  1:498250/1‑62 (MQ=255) tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAAt  >  1:125611/1‑62 (MQ=255) tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAAt  >  1:366685/1‑62 (MQ=255) tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAAt  >  1:293660/1‑62 (MQ=255) tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAAt  >  1:288319/1‑62 (MQ=255) tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAAt  >  1:215747/1‑62 (MQ=255) tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAAt  >  1:183374/1‑62 (MQ=255) tttCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAAt  >  1:169788/1‑62 (MQ=255) |                                                              TTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAAT  >  minE/1278511‑1278572

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑