Missing coverage evidence...
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GCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCG  >  minE/102978‑103039 |                                                              gCGTAGCTTACTGGCAACTCCTTAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:864729/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:806076/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:531126/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:551037/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:575987/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:599680/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:61359/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:705634/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:755190/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:768280/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:784701/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:801092/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:518821/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:829589/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:830778/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:849027/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:878017/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:904092/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:943288/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:99252/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:998572/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:333330/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:1011696/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:1038267/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:108042/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:121188/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:159909/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:206937/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:220085/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:224884/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:289028/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:100458/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:340625/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:348139/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:375531/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:416123/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:424201/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:431735/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:463978/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:470372/62‑1 (MQ=255) gCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCg  <  1:480980/62‑1 (MQ=255) |                                                              GCGTACCTTACTGGCAACTCCTGAAAGGGTTTGCACAAAATTAAGCGCAGTGCGTTCGCCCG  >  minE/102978‑103039

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑