Missing coverage evidence...
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ACCACCGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGATT  >  minE/1366623‑1366684 |                                                              accaccGCTTTGTTGTAGCTTGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:598879/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGCCAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:1036280/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCgaga    >  1:635415/1‑60 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:958038/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:880798/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:844378/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:812237/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:772138/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:759992/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:72759/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:722027/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:716861/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:713380/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:666994/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:661162/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:1009561/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:989131/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:616366/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:472522/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:45708/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:451873/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:435017/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:391692/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:389615/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:306444/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:283040/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:224588/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:145729/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:124463/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAtt  >  1:108868/1‑62 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAt   >  1:313858/1‑61 (MQ=255) accaccGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGAt   >  1:937616/1‑61 (MQ=255) |                                                              ACCACCGCTTTGTTGTAGCTGGCGATAGACAAGTTGCTTTCGGCTTTTGCGATATCGAGATT  >  minE/1366623‑1366684

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑