Missing coverage evidence...
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CTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGC  >  minE/1432036‑1432097 |                                                              cTGTCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:971016/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAgg   >  1:1000810/1‑61 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAgg   >  1:847526/1‑61 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAgg   >  1:844879/1‑61 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAgg   >  1:623283/1‑61 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAg    >  1:636006/1‑60 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAg    >  1:796940/1‑60 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:818852/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:702004/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:704643/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:787860/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:789446/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:803794/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:647412/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:81913/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:821945/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:85915/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:967032/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:995053/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:663825/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:639404/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:61664/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:575329/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:501142/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:484227/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:432527/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:32916/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:256314/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:246280/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:209889/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:198234/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:18551/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:183086/1‑62 (MQ=255) cTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGc  >  1:1014764/1‑62 (MQ=255) |                                                              CTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGC  >  minE/1432036‑1432097

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑