Missing coverage evidence...
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GCGCTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGT  >  minE/1498323‑1498384 |                                                              gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCt                        >  1:804781/1‑40 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGACCGGGc              >  1:803723/1‑50 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:849155/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:1006859/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:620280/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:639970/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:681855/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:706608/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:714199/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:833664/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:836329/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:616272/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:867733/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:87531/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:895660/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:913106/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:933007/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:948957/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:956511/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:966989/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:997549/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:341032/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:1008057/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:145539/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:155425/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:165589/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:209737/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:212306/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:213781/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:221815/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:223643/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:328955/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:553958/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:342079/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:377884/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:384198/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:389377/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:392593/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:400357/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:498670/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtgt  >  1:520722/1‑62 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtg   >  1:737838/1‑61 (MQ=255) gcgcTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCAtg   >  1:708903/1‑61 (MQ=255) |                                                              GCGCTCTTTCGGCGGCGGCGTGGTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGT  >  minE/1498323‑1498384

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑