Missing coverage evidence...
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GAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAT  >  minE/1560336‑1560397 |                                                              gAATGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:10689/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:630235/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:491651/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:508268/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:516268/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:531822/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:535653/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:574297/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:582272/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:471473/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:798999/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:81027/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:851844/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:876821/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:935066/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:948435/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:954521/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:470961/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:469304/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:46693/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:441539/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:433516/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:417236/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:40767/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:361641/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:331581/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:251908/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:208297/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:166164/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:14824/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:113717/62‑1 (MQ=255) gAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAt  <  1:109912/62‑1 (MQ=255) |                                                              GAAGGTGAAGTCGATATAGTGTTATCACATTTAGTTACTTCGCCGCCTCTTAATAATGACAT  >  minE/1560336‑1560397

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑