Missing coverage evidence...
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CAGATCAGTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGCACA  >  minE/2011733‑2011794 |                                                              cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:798771/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:539244/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:54074/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:555651/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:587601/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:635800/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:667113/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:720081/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:737792/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:744513/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:744950/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:770853/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:529752/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:820244/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:823713/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:841930/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:864526/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:888738/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:895171/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:895555/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:898051/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:908058/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:966144/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:987420/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:310672/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:102555/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:109297/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:119611/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:142448/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:1428/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:155789/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:187705/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:240984/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:241/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:260280/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:277013/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:1005103/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:321012/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:336392/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:340222/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:366901/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:373701/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:387148/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:415919/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:431083/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:501775/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:517377/62‑1 (MQ=255) cagatcagTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAACCCATCACAAATGCAGAAAGcaca  <  1:476824/62‑1 (MQ=255) |                                                              CAGATCAGTGATTATGACGAGTCAGTCGGTCAAGATAGCCCATCACAAATGCAGAAAGCACA  >  minE/2011733‑2011794

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑