Missing coverage evidence...
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GGCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGA  >  minE/2093267‑2093306 |                                        ggCGATATGCTGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:884603/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:729878/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:49161/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:499638/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:499961/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:508129/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:540384/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:594129/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:618636/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:619825/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:658213/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:674840/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:675630/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:686466/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:688500/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:490715/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:731714/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:830419/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:842956/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:851895/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:875570/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:875831/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:930884/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:932273/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:936459/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:973188/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:978069/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:283184/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:1027486/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:121208/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:160394/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:175699/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:178805/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:194481/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:206468/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:2122/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:213618/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:22583/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:2338/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:23657/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:27988/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:1015874/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:301986/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:304265/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:324041/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:338127/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:352426/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:390926/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:398098/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:404334/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:408070/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:418427/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGa  <  1:456949/40‑1 (MQ=255) ggCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGCTATTAGa  <  1:399930/40‑1 (MQ=255) |                                        GGCGATATGCGGTCTACGTTTTTGCAGGCGAGTTATTAGA  >  minE/2093267‑2093306

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑