Missing coverage evidence...
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CAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGTTTT  >  minE/2198675‑2198736 |                                                              cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCTATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:1017239/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGctct               >  1:190421/1‑49 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:501473/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:980809/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:507306/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:512577/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:521453/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:546337/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:553811/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:57204/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:608694/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:609297/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:611019/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:699032/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:733816/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:760878/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:800854/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:831335/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:848540/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:890453/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:902769/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:933075/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:937415/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:949577/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:960898/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:1010268/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:218447/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:1019571/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:1034974/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:11737/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:154971/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:162805/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:175025/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:185768/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:208948/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:483799/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:234898/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:249654/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:250182/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:273439/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:353996/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:378630/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:378888/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:380665/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:394548/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:449256/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGttt   >  1:1024174/1‑61 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCAACGCCGtttt  >  1:311159/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGTTCTGGTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:185999/1‑62 (MQ=255) cAGCGCGGTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGtttt  >  1:135814/1‑62 (MQ=255) |                                                              CAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCGATAGATTTACGCTCTTCCACGCCGTTTT  >  minE/2198675‑2198736

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑