Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2253978	2254028	51	66 [0]	[0] 55	rpoC	RNA polymerase, beta prime subunit

CAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGACC  >  minE/2254029‑2254073 |                                             cAGTTCCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:132167/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTATCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:624749/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:753285/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:513630/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:51955/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:58204/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:606051/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:617828/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:619416/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:621368/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:66675/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:680777/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:68371/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:737307/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:742497/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:498346/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:75811/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:780099/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:799674/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:822861/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:850786/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:875975/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:88175/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:885439/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:891718/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:900241/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:974313/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:337202/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:1032024/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:104986/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:107825/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:125279/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:127901/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:153229/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:172894/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:175339/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:188886/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:286166/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:336738/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:336803/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:1015997/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:375136/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:3775/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:397103/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:400313/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:403323/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:433567/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:436035/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:443642/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:448713/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:450933/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:452627/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:485133/45‑1 (MQ=255) cAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTAAGAcc  <  1:851423/45‑1 (MQ=255) cAGTACAGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGAcc  <  1:511666/45‑1 (MQ=255) |                                             CAGTACCGCACCGTAAGGTACTTTGTAGCTTTCTTTAGTACGACC  >  minE/2254029‑2254073

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑