Missing coverage evidence...
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GCGCGGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGCT  >  minE/2383348‑2383408 |                                                             gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGgcgcg  <  1:947500/61‑2 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:845344/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:105138/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:654571/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:660239/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:67020/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:7441/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:762155/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:79595/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:806635/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:829026/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:645811/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:866335/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:889227/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:893734/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:89465/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:949631/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:952527/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:957879/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:484233/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:112538/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:140103/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:166710/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:176045/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:18142/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:183672/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:200575/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:219348/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:239810/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:277659/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:295558/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:360339/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:375861/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:395408/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:466303/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:642105/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAAGCGct  <  1:224485/61‑1 (MQ=255) gcgcgGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCAACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGct  <  1:95397/61‑1 (MQ=255) |                                                             GCGCGGGTTTCTGGCCAGCCGCGCGTTTTCAGGCCACAGTCCGGGTTGACCCACAGGCGCT  >  minE/2383348‑2383408

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑