Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2544505	2544606	102	20 [0]	[0] 43	[rfaL]–[rfaC]	[rfaL],[rfaC]

CATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATAAA  >  minE/2544607‑2544664 |                                                          cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:919447/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:611343/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:624072/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:635183/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:647679/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:651852/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:663289/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:75309/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:774395/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:792295/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:890293/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:600267/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:92061/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:941095/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:945201/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:950258/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:964090/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:966024/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:972169/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:978504/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:988840/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:990865/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:401072/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:1029357/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:107089/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:114556/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:136661/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:172408/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:179054/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:191923/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:238519/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:250760/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:294584/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:1017042/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:473239/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:475538/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:475959/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:492417/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:538972/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:543606/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:554149/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:568971/58‑1 (MQ=255) cATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATaaa  <  1:570077/58‑1 (MQ=255) |                                                          CATACCATCTGATTCTTCCCATACCCACCAATTAATCCCGGATCGGTTGGTCCATAAA  >  minE/2544607‑2544664

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑