Missing coverage evidence...
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CTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTC  >  minE/2739013‑2739073 |                                                             ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:708647/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:511953/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:560054/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:562791/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:580299/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:583469/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:644650/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:661051/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:70123/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:708154/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:462728/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:716330/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:731369/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:778884/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:796475/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:805135/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:850214/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:856913/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:967554/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:287386/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:118707/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:125711/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:1280/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:15090/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:216476/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:252893/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:256624/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:1015784/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:290733/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:291959/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:306779/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:384606/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:394793/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:412445/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:43398/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:457238/61‑1 (MQ=255) ctGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGAAGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTc  <  1:123614/61‑1 (MQ=255) |                                                             CTGATGCGTCTGGATCTGGCTGCCGGTGTAGACGTGCAGATCAGCCTGGGTTAATCAGGTC  >  minE/2739013‑2739073

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑